Το Ghost Recon Alpha μας δείχνει την ιστορία μιας ομάδας ειδικών αποστολών που εισχωρεί μυστικά σε μια ανταλλαγή σε μια ρωσσική αποθήκη που γίνεται ανάμεσα σε ένα στρατηγό και σε μια άλλη μυστήρια φιγούρα..