Η ιστορία ξεκινά με τον Naruto 12 χρονών, να αποφοιτεί από την Ακαδημία των νίντζα και την ένταξή του στην «Ομάδα 7». Η τελευταία αποτελείται από τον εκπαιδευτή του και καταξιωμένο νίντζα Hatake Kakashi, την Haruno Sakura και τέλος από τον Uchiha Sasuke. Η σχέση των δύο αγοριών είναι ένας από τους κύριους θεματικούς άξονες της ιστορίας και τελικά αποβαίνει καθοριστική για τη μοίρα τους...